菏澤市水利局主要職責：（一）負責統籌全市水資源的合理開發利用。擬訂全市水利發展中長期規劃和政策，組織編制水利綜合規劃和專業規劃；負責提出水利固定資產投資規模和方向、財政性資金安排建議，提出水利建設投資安排建議；負責市級水利資金和水利國有資產監督管理工作；提出有關水利價格、收費、信貸、稅收的政策建議。（二）負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障。實施水資源的統一監督管理；擬訂全市水中長期供求規劃、水量分配方案并監督實施；負責重要流域、區域以及重點調水工程的水資源調度；組織實施取水許可、水資源有償使用、水資源論證等制度；指導城市污水處理回用、雨洪資源開發利用、水利行業供水、農村水能資源開發、小水電等工作；保障城鄉供水安全，促進水資源的可持續利用。（三）承擔水資源保護和節約用水的責任。組織編制全市水資源保護規劃；組織擬訂重要河流、湖泊、水庫的水功能區劃并監督實施；核定水域納污能力，提出限制排污總量意見，指導入河排污口設置工作；負責飲用水水源保護、地下水開發利用和保護工作；擬定節約用水政策，推動節水型社會建設。（四）組織、協調、監督、指揮全市防汛抗旱工作,承擔市人民政府防汛抗旱指揮部的日常工作。負責對土地利用總體規劃、城市規劃和其他涉及防洪的規劃、重大建設項目布局的防洪論證提出意見；負責重要洪泛區、蓄滯洪區和防洪保護區的洪水影響評價工作；指導水利突發公共事件的應急管理工作。（五）指導水利工程建設與管理工作。指導水利設施、水域及其岸線的管理與保護；負責河流、水庫、湖泊的治理和開發；組織實施具有控制性的或跨縣區、跨流域的水利工程建設與運行管理；組織實施水利工程建設有關制度；指導水利建設市場的監督管理；按規定權限審查河道管理范圍內建設項目、工程建設方案；負責水利水電移民工作的監督管理。（六）指導農村水利工作。組織協調農田水利基本建設；指導農田灌溉排水工作；組織實施農村飲水安全、節水灌溉等工程的建設與管理；負責引黃灌溉工作；指導農村水利社會化服務體系建設。（七）負責水土保持工作。組織編制水土保持和水生態建設規劃并監督實施；組織實施水土流失的綜合防治、監測預報并定期公告；負責開發建設項目水土保持方案的審核審批、監督實施和水土保持設施的驗收工作；歸口管理“四荒”（荒山、荒丘、荒灘、荒溝）的治理開發工作。（八）組織實施水政監察和水行政執法工作。負責重大涉水違法事件的查處；調處縣區間的水事糾紛，受市政府委托調處市際間水事糾紛；負責水利行政事業性收費的征收管理工作。（九）負責水利工程安全生產監督管理工作；指導水利行業安全生產工作；組織實施水利工程質量和安全監督。（十）負責組織水利科學研究、技術推廣工作；負責行業技術標準和規程規范的監督實施；承擔水利系統對外交流、利用外資、引進國（境）外智力等工作；負責水利宣傳、信息化、人才隊伍建設等工作。（十一）負責協調市內涉及黃河的有關事務。（十二）承辦市委、市政府交辦的其他事項。