咸陽市醫療保險基金管理中心成立于1996年8月，為市人力資源和社會保障局下屬正縣級參照公務員管理事業單位。目前中心下設綜合科、計劃財務科、監督檢查科、職工參保管理科、職工醫療保險科（異地結算科）、離休干部醫療保障科、居民醫療保險科、縣區醫療管理科、基金征繳科、網絡信息科（基金運行科）10個科室。負責醫療保險基金的征繳和管理，定點醫藥機構的監督檢查，市本級城鎮職工、離休人員醫療保險參保業務，市本級城鎮職工異地就醫結算業務，市本級各定點醫藥機構費用審核結算，縣市區城鎮基本醫療保險經辦業務指導，醫療保險信息系統的維護和智能監控審核管理工作。