吉林省醫療保障局主要職責：1、擬定全省醫療、工傷、生育保險經辦管理總體規劃和實施方案，并組織實施。2、指導全省各級醫療、工傷、生育保險經辦機構落實經辦工作的管理、技術和服務標準，完善經辦規程和操作規范，推進經辦機構的規范化、標準化、專業化建設。3、擬定全省醫療、工傷、生育保險參保擴面、基金征繳和支出計劃建議方案，制定考核評估辦法，并組織實施。4、負責綜合編制全省醫療、工傷、生育保險基金預決算草案，組織實施基金預算；負責監測全省醫療、工傷、生育保險基金運行情況，建立健全預警機制，擬定對策建議。5、擬定醫療、工傷、生育保險基金統籌與調劑的具體辦法并指導實施，指導各統籌地區管理醫療、工傷、生育保險基金。6、編制匯總全省醫療、工傷、生育保險財務報表和統計報表，指導全省經辦系統執行社會保險基金財務、會計制度和統計報表制度，開展精算預測和運行分析。7、規劃指導全省醫療、工傷、生育保險信息化建設，組織全省聯網數據上報。8、組織實施醫療、工傷、生育保險稽核、內部控制、內部審計和信息披露制度，指導經辦系統開展相關咨詢服務工作。9、指導監督全省經辦系統執行醫療、工傷、生育保險定點醫療機構、康復機構、傷殘輔助器具配置機構、藥店管理規范，健全考核評估機制和談判機制，管理定點服務機構。10、研究擬定經辦機構崗位設置規范、工作人員任職資格標準以及業務培訓規劃（計劃）、績效考核評價辦法并指導實施。11、指導全省各統籌地區離休干部、二等乙級以上革命傷殘軍人醫療費統籌經辦工作。12、征收、籌集省直基本醫療、工傷、生育保險基金及公務員醫療補助、大額醫療費用補充保險資金、保健對象醫療資金、離休干部和二等乙級以上革命傷殘軍人統籌醫療費；經辦相關各類人員的待遇支付；負責對各項基金、資金的管理、稽核和審計；監督檢查考核定點服務機構服務質量；承擔省直醫療、工傷、生育保險其他經辦業務的管理服務工作。13、承辦廳里交辦的其他事項。