作為生態環境部實施環評法、排污許可制度及環境執法研究的技術支持單位，生態環境部環境工程評估中心主要職責為：負責建設項目環評文件技術評估、規劃環評文件和竣工環保驗收技術審查及環評文件技術復核工作；承擔規劃環評和建設項目環評政策及技術導則制修訂等技術支持工作；組織擬定戰略環評、規劃環評和“三線一單”技術規范；承擔建設項目全過程環境監管及重大工程環境影響后評價技術支持工作；承擔排污許可相關技術標準、政策法規與管理制度的研究工作；承擔國家排污許可信息管理平臺及數據庫的建設與運行維護工作；承擔環境執法相關法規政策研究及企業達標執法技術標準體系研究工作；組織編制環境執法現場檢查規范和指南；組織環境影響評價大數據系統建設與管理，開展環境質量模型法規化與標準化應用與研究工作；承擔環境影響評價機構資質管理工作；負責全國環境影響評估機構的業務指導工作；負責環境影響評價技術人員繼續教育工作等。