1996年11月,水利部批準組建人才中心（承擔水利部職業技能鑒定指導中心職責）。1997年5月,中央機構編制委員會辦公室中編辦字[1997]73號文批準成立，局級建制，編制20人。2000年4月，水利部成立綜合事業局，人才中心并入綜合局，核定編制24人。2005年5月，恢復水利部黨校，黨校辦公室設在人才中心，2008年增設黨校工作處。2009年9月，水利部批準設立中日合作水庫運行管理能力建設項目辦公室（項目任務已經完成）。2013年，經人事司批準，編制調整到25人，根據事業單位分類改革意見，為公益二類事業單位。根據"三定"，中心職責主要：承擔水利人才資源開發工作規劃、培訓計劃及有關政策、辦法的調研及擬定工作；負責水利部黨校辦公室工作，負責水利部黨校日常工作；承擔水利部職業技能鑒定指導中心工作；承擔水利行業技師和高級技師評審、高技能人才評選和職業技能競賽工作；承擔水利部直屬單位專業技術資格評審及有關資格證書核發工作；組織人才培訓計劃、水利人才國際合作培訓項目和水利遠程教育培訓實施；承擔水利人才培訓機構資質審查、人才培訓證書核發工作；承擔水利人才開發服務體系建設；開展人事代理、人才考試測評、干部人事檔案管理等服務；負責收集、整理并發布水利系統人才供求信息，提供人才需求咨詢服務；承擔人事統計工作，承擔水利人才信息系統和人才數據庫建設與管理工作；開展與人才資源開發業務有關的有償服務及經營活動。