吉林省畜牧業管理局主要職責：（一）貫徹執行國家關于畜牧業（包括畜牧、獸醫、獸藥、草原、飼料、畜產品質量安全、生鮮乳生產管理，下同）的法律、法規和方針、政策，組織起草畜牧業地方性法規和省政府規章草案，擬訂相關政策并監督實施。（二）擬訂全省畜牧業發展戰略，編制中長期發展規劃和年度計劃并組織實施；指導畜牧業產業化管理及行業結構和布局調整；負責提出行業投資計劃建議，承辦行業基本建設、綜合開發和財政資金等方面的項目審查工作。（三）負責組織畜禽品種、畜產資源、飼料資源的保護及合理開發利用；指導全省畜禽良種測定、繁殖改良和推廣體系建設。（四）承擔畜產品質量安全管理工作的職責。組織起草畜產品質量安全管理方面的地方性法規和省政府規章草案，擬訂相關政策并組織實施；負責無公害畜產品管理工作；負責畜產品加工業的發展規劃、結構布局和綜合協調；指導全省畜牧業飼養、加工、銷售的一體化經營；負責生鮮乳生產、規劃、基地建設的監督管理以及收購站統計等工作。（五）負責全省獸醫醫政、獸藥藥政、獸醫醫療器械、飼料行政管理和種畜禽、牧草種子以及獸藥等生產質量的監測、鑒定和執法監督管理；負責獸藥飼料殘留監控工作；監督實施全省畜牧業標準化生產。（六）負責全省動物防疫、檢疫、監督工作；制定動物疫病防治規劃；負責動物產品檢驗檢疫；負責制定全省重大動物疫情應急預案，組織實施重大動物疫情的監測、調查、控制、發布、撲滅等應急工作；承擔省防治動物重大疫病指揮部的具體工作。（七）負責全省草業發展、草原（草地）資源的保護、合理開發、生態建設和鼠蟲害測報與防治工作；負責全省境內草原的行政監理和草原防火工作；承擔省草原防火指揮部的具體工作。（八）根據國家畜牧、獸醫行業技術標準，組織擬訂地方行業標準和技術規范；負責審核發放種畜禽生產經營許可證、草種生產許可證、獸用生物制品經營許可證、飼料和飼料添加劑生產許可證、征用使用草原采礦和建設工程許可證、培育新的畜禽品種配套系進行中間試驗許可證。（九）制定畜牧業科技教育培訓發展規劃；組織實施重大科研項目攻關；指導科技推廣、教育培訓工作和畜牧行業科技隊伍建設；負責畜牧業科研和技術推廣項目管理工作。（十）負責畜牧業的經濟、技術信息工作；負責畜牧行業的對外經濟技術交流與合作。（十一）承辦省政府交辦的其他事項。