吉林市交通運輸局主要職責：（一）貫徹落實國家和省有關交通運輸行業法律法規、規劃、政策和標準；組織擬訂并監督實施全市公路、水路等行業發展的總體規劃、專項規劃、中長期發展計劃；組織起草交通運輸工作的地方性法規和規章草案，研究擬訂相關政策和標準；參與擬訂物流業發展戰略和規劃，擬訂有關政策和標準并監督實施；會同有關部門組織編制綜合運輸體系規劃，組織編制陸路、水路交通樞紐規劃和管理；指導公路、水路行業有關體制改革工作。 （二）承擔全市公路、水路等交通基礎設施建設市場監管責任。監督、指導公路、水路等工程建設相關政策、制度和技術標準的實施；組織協調公路、水路等有關重點工程建設和工程質量、安全生產監管工作；組織指導全市交通運輸基礎設施管理和維護。（三）承擔全市道路、水路運輸市場監管責任。指導和監督道路、水路運輸有關政策、準入制度、技術標準和運營規范的實施；協調和指導城鄉客運及有關設施規劃和管理工作，指導除吉林市城區之外的全市出租車行業管理工作；負責交通影響評價和的港口行業管理工作。（四）承擔全市水上交通安全監管責任。指導水上交通管制、船舶及相關水上設施檢驗、登記和防止污染、救助打撈、通信導航、船舶與港口設施安保及危險品運輸監督管理等工作；負責船員管理工作；負責市管水域水上交通安全事故、船舶及相關水上設施污染事故的應急處置，依法組織或參與事故調查處理工作；指導縣（市）區水上交通安全監管工作。（五）負責全市公路、水路交通（含吉林市城區之外的全市出租車）行業安全生產和應急管理工作。對全市重點物資運輸和緊急客貨運輸進行調控；監測重點干線公路路網安全運行情況；承擔交通戰備有關工作。（六）指導全市交通運輸信息化建設，監測分析運行情況；開展相關統計工作，發布有關信息；指導公路、水路行業環境保護、科技教育、工程造價和節能減排工作。（七）組織市管重點項目交通建設資金籌措；監督管理國有資產；組織實施交通運輸重點建設項目的內部審計工作。（八）指導全市交通行業開展國內外經濟技術交流合作及利用外資工作。（九）承辦市政府交辦的其他事項。