吉林市水利局主要職責：（一）貫徹實施國家、省有關水利、水產工作的方針、政策和法律、法規；擬訂全市水利、水產工作的發展戰略和中長期規劃，組織起草有關法規、規章并監督實施。（二）統一管理全市水資源（含空中水、地表水、地下水）。組織擬訂全市和跨縣（市）區水長期供求計劃、水量分配方案并監督實施；組織有關國民經濟總體規劃、城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪的論證工作；組織實施取水許可制度和水資源費征收制度；發布全市水資源公報。（三）擬訂節約用水政策、編制全市節約用水規劃，制定有關標準，組織、指導和監督節約用水工作。（四）按照國家和省資源與環境保護的有關法律、法規和標準，擬訂全市水資源保護規劃；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；監測江河湖庫的水量、水質，審定水域納污能力；提出限制排污總量的意見。（五）組織指導全市水政監察和水行政執法；協調并仲裁部門間和縣（市）區間的水事糾紛。（六）擬訂全市水利行業的經濟調節措施，會同有關部門對水利資金的使用進行宏觀調節；指導全市水利行業的供水、水電及多種經營工作；研究提出有關水利的價格、稅收、信貸、財務等經濟調節意見。（七）編制、審查全市大中型水利基建項目建議書和可行性研究報告；組織全市水利、水產、水土保持科學研究和技術推廣工作；貫徹執行國家和省頒布的水利行業的技術質量標準和水利工程規程、規范，結合本市實際擬訂相關規定和細則，并監督實施。（八）組織、指導全市水利設施、水域及其岸線的管理與保護，組織指導主要江河湖庫的治理與開發；組織建設和管理具有控制性的或跨縣（市）區的重要水利工程；組織指導水庫、水電站大壩的安全監管。（九）指導全市農村水利工作；組織協調全市農田水利基本建設、農村水電電氣化和鄉鎮供水工作。（十）組織協調全市水土保持工作；研究制定水土保持中長期規劃；組織水土流失的監測和綜合防治。（十一）負責全市水利方面的科技和外事工作；指導全市水利隊伍建設。（十二）承擔市人民政府防汛抗旱指揮部的具體工作。組織、協調、監督、指導全市防洪工作；對主要江河和重要水利工程實施防汛抗旱調度。（十三）擬訂全市水產發展戰略和中長期規劃，組織、指導全市水產工作；組織、指導全市漁業基礎設施建設與管理；負責保護漁業水域生態環境和水生野生動植物工作；代表國家行使漁船檢驗和漁政、漁港監督管理權；協調處理重大漁事糾紛。（十四）承辦市政府交辦的其他事項。