2007年5月縣檔案局與檔案館合并，一個機構，掛南靖縣檔案局（館）牌子，履行全縣檔案事業行政管理和對全縣各機關、團體及所屬單位的檔案保管、利用兩種職能，為縣委、縣政府直屬機構，規格為正科級，隸屬縣委序列，由縣委直接管理，經費由縣財政全額核撥；設立人秘科、監督指導科、保管技術科三個內設機構；人員編制７名；領導職數：局（館）長１名，副局（館）長２名。同年12月，縣檔案局（館）被批準為參照公務員管理單位，此機構設置至今保持不變。其主要職責是：１、貫徹實施《檔案法》、《檔案法實施辦法》及檔案工作的法律、法規和方針政策，開展行政執法監督；制定實施全縣檔案事業發展規劃和檔案工作的規章制度。２、集中統一管理全縣各機關、團體及其所屬單位重要的檔案資料，保守黨和國家的機密，維護檔案的完整，確保檔案資料的安全。對全縣各機關、團體、企事業單位和其他組織、重點項目的檔案工作進行監督、檢查和指導。３、調查處理檔案違法案件，承擔全縣檔案執法監督的行政復議工作，監管對國家和社會具有保存價值或應當保密的單位和個人檔案。４、審查并向市檔案局報送各立檔單位以及機關、團體、企事業單位和其他組織向國內外單位或者個人贈送、交換、出賣檔案復制件；審查并向市檔案局報送各單位需要攜帶、運輸或郵寄出境的檔案及其復制件；審查并向市檔案局報送外國組織和個人以及華僑、港澳臺同胞利用縣內各級各類檔案的申請。 ５、負責接收本縣各機關、團體和所屬單位按規定移交的檔案資料；研究并組織實施館藏檔案的保管、整理、編目、統計、鑒定、銷毀、解密、開放和利用等工作；征集檔案資料；推進檔案工作的科學管理和現代化建設，為社會各方面提供服務。６、組織并指導全縣檔案宣傳、檔案教育及檔案工作人員的培訓等工作。 7、負責做好本單位的人事、工資、福利和計劃生育工作，抓好機關黨務工作和精神文明建設。 ８、完成縣委、縣政府和上級檔案部門交辦的事項。