國家林業和草原局天然林保護工程管理中心主要職責：一、負責工程建設的組織實施和管理工作。二、參與擬定有關天然林保護工程的方針、政策、法規、規程、標準、辦法，并負責監督執行。三、參與天然林保護工程規劃的編制，指導地方工程規劃、實施方案的編制工作，負責項目立項的初審工作。四、參與擬定工程年度建設計劃的編制，并依據年度工程實施情況提出工程建設調控意見。五、按照規劃實施工程有關的營造林、森林防火、科技、種苗、人員安置等項目的監督檢查。六、負責工程運行監督管理，年度、階段的檢查驗收，協助做好工程建設的竣工驗收。協助資源司開展工程區森林資源監測以及飛播造林、封山育林、人工造林(更新)等核查工作。七、組織開展工程報帳制管理工作。八、組織工程建設稽查工作，協助局重點工程稽查辦公室做好工程資金違規違紀問題的查處工作。九、負責工程建設技術推廣、人員培訓、試點示范工作、社會宣傳工作。十、負責工程信息及資料的收集、整理、匯總和統計上報工作。十一、組織開民有關國際交流與合作，參與天保工程外援項目的立項申報并指導導項目實施和檢查驗收。十二、承辦國家林業和草原局交辦的其它事項。天然林保護工程以從根本上遏制生態環境惡化，保護生物多樣性，促進社會、經濟的可持續發展為宗旨；以對天然林的重新分類和區劃，調整森林資源經營方向，促進天然林資源的保護、培育和發展為措施，以維護和改善生態環境，滿足社會和國民經濟發展對林產品的需求為根本目的。