國家發展和改革委員會農村經濟司的主要職責是：（一）研究保障國家糧食安全和主要農產品有效供給、統籌城鄉經濟發展、增加農民收入、優化農業生產力布局、促進農業可持續發展等重大問題，協調農業和農村經濟社會發展的重大問題，提出農業和農村經濟發展戰略及政策建議。（二）組織擬訂農業和農村經濟社會發展規劃和重要農產品等年度計劃；銜接平衡農業（包括畜牧業、漁業）、林業、水利、氣象、生態及有關農村基礎設施等發展規劃、年度計劃和政策。（三）組織擬訂農業、水利、林業、氣象及有關農村基礎設施項目投資計劃，提出農口重大項目布局建議并協調實施，審核農口重大項目；監督檢查投資計劃執行和項目實施情況。（四）研究農村經濟體制改革重大問題并提出建議，參與研究農業、林業、水利、氣象等行業管理體制改革；研究提出農業投融資體制、工程建設與管理體制及運行體制改革意見。（五）組織編制生態保護與建設規劃和年度計劃，組織實施生態建設重大項目；承辦全國生態環境建設部際聯席會議辦公室的日常工作；銜接平衡退耕還林、退牧還草規劃并安排年度投資計劃。（六）監測、分析農業和農村經濟發展形勢，加強相關趨勢研判，跟蹤研究趨勢性重大問題，提出政策建議。（七）研究大中型水利水電工程移民重大問題，提出政策建議；會同有關單位負責全國水庫移民后期扶持政策部際聯席會議的相關工作。（八）負責全國防治高致病性禽流感指揮部保障組的日常工作。（九）承辦委領導交辦的其他事項。