國家自然資源督察南京局主要職責：（一）對督察范圍內省級及計劃單列市人民政府的土地利用和管理情況進行監督檢查。根據督察范圍內的實際情況，研究擬訂督察工作計劃和工作制度，報國家土地總督察批準后實施；（二）監督檢查督察范圍內省級及計劃單列市人民政府耕地保護責任目標的落實情況；（三）監督檢查督察范圍內省級及計劃單列市人民政府執行國家土地調控政策情況；（四）監督檢查督察范圍內省級及計劃單列市人民政府執行土地管理法律法規情況；（五）對督察范圍內省級人民政府上報國務院審批以及由省級、計劃單列市人民政府審批的農用地轉用和土地征收事項依照規定進行檢查，發現有違法違規問題，及時報告或提出糾正意見；（六）按照有關規定提出責令限期整改建議報國家土地總督察，負責對被責令限期整改地區的監督檢查，督促督察范圍內省級和計劃單列市人民政府組織實施整改工作，負責對被責令限期整改地區結束整改的審核，并向國家土地總督察提出是否結束對該地區整改的建議；（七）開展土地利用和管理的調查研究，提出加強土地管理的政策建議；（八）承辦自然資源部及國家土地總督察、副總督察交辦的其他事項。