自然資源部第三海洋研究所（簡稱海洋三所），創建于1959年,是自然資源部直屬的國家公益一類綜合型海洋科學研究機構，主要從事海洋基礎研究、應用研究和高新技術研究，促進海洋科技進步，為海洋管理、公益服務、海洋經濟發展及海洋安全提供科技支撐。海洋三所現有編制505人，截至2018年12月，在職職工444人，其中有中國工程院院士1人，享受政府特殊津貼專家4人，入選國家“百千萬人才工程”2人，入選福建省“百千萬人才工程”4人，廈門市拔尖人才4人，具有副高級職稱以上科技人員160余人，具有博士學位人員160人。海洋三所是1984年國務院學位委員會批準的碩士學位授予單位，建有博士后科研工作站，擁有1個一級學科碩士學位授權點（海洋科學）和2個二級學科碩士學位授權點（微生物學和環境科學），并與清華大學、中國科技大學等高校聯合招收博士研究生，，在讀碩、博士研究生160多人。先后與美、德、法、日等30多個國家以及我國臺灣、香港等地區的有關機構建立了交流與合作關系。主辦出版中國自然科學核心期刊《應用海洋學學報》，同時是國家海洋標準委員會生物資源開發與保護分技術委員會、中國海洋學會海洋生物資源專業委員會、中國海洋工程咨詢協會環境生態專業委員會，中國太平洋學會危險品與放射性評估分會、中國生態學會海洋生態專業委員會以及福建省海洋學會的依托單位。海洋三所重點發展深海生物研究與海洋生物資源開發利用、全球變化與區域海洋響應、海洋生物多樣性與生態系統保護、應用海洋學四個學科領域13個研究方向，擁有10個研究部門（含自然資源部屬2個重點實驗室和1個工程中心），以及面向服務經濟社會建設為主的廈門海洋工程勘察設計研究院。在深海微生物、海洋-大氣化學與全球變化等學科領域處于全國領先地位，部分成果達到國際先進水平；海洋生物多樣性和生態系統保護管理等學科具有較明顯的優勢，部分領域居全國領先水平；海洋生物資源開發利用技術居國內先進水平，產業研發平臺應用初見成效；在臺灣海峽、南海等區域海洋學研究方面積累了大量一手資料，海洋聲學等領域具有一定的學科優勢。經過近60年的發展，海洋三所取得了一系列重要科技成果，已經成為我國海洋科學研究的重要力量，在國際上具有一定的知名度，為我國海洋科技發展、海洋綜合管理、海洋經濟發展、海洋權益維護和海洋生態文明建設做出了重要的貢獻。海洋三所保藏有我國迄今為止最大的灰鯨標本和十萬多份生物標本，擁有國家級深海微生物資源庫，國內最先進的4500噸級海洋綜合科學考察船“向陽紅03”船自2016年3月建成并投入使用以來，已圓滿完成了多個綜合調查航次任務。海洋三所持有國家級《檢驗檢測機構資質認定證書》《ISO9001：2015質量管理體系認證證書》、甲級《建設項目環境影響評價資格證書》、甲級《工程勘察證書（海洋工程勘察綜合類）》、甲級《工程設計資質證書（海洋行業-沿岸工程）》、甲級《測繪資質證書（海洋測繪）》、乙級《工程咨詢單位資信認定-生態環境與建設工程及水運（港口河海工程）》和乙級《地質勘察資質證書（海洋地質調查）》等各類技術咨詢服務證書，在海洋發展規劃、環境保護規劃和重大基礎建設等方面的海洋管理和海洋經濟發展提供了大量的基礎性、支撐性技術服務，為我國國民經濟建設、國家安全和海洋科學技術的發展做出了貢獻。