水利部人事司主要職責：組織擬訂水利系統人才規劃及相關政策，組織指導部機關和直屬單位干部人事制度改革。負責部機關和參照公務員法管理單位的公務員管理工作。負責部直屬單位領導班子、部管后備干部隊伍建設和干部監督工作，承辦部管干部的日常管理工作。組織擬訂水利專業技術職務評審標準、水利行業職業技能標準，組織指導部直屬單位專業技術職務評聘和專家管理工作，負責水利行業職業資格管理工作。負責部機關和直屬單位機構編制管理、機構改革工作，組織指導水行政管理體制改革和水利經濟體制改革有關工作，負責水利社團管理有關工作。負責部機關和直屬單位工資管理工作，指導部直屬單位收入分配制度改革，研究擬訂水利行業定崗定員標準。組織指導部直屬單位職工勞動保護、衛生保健和療休養工作，負責水利干部人事統計工作，歸口管理部表彰獎勵工作。負責部機關和直屬單位干部教育培訓管理工作，組織擬訂水利干部教育培訓規劃并監督實施。承辦部領導交辦的其他事項。