南通市教育局是市政府工作部門，為正處級。中共南通市委教育工作委員會（以下簡稱市委教育工委）與市教育局合署辦公，實行一套工作機構、兩個機關名稱。市委教育工作領導小組日常工作由市委教育工委承擔。南通市政府教育督導室設在市教育局。南通市教育局負責貫徹落實中央關于教育工作的方針政策和省市委的決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對教育工作的集中統一領導。其主要職責是：（一）貫徹黨和國家的教育方針、政策，落實國家有關教育的法律法規，擬訂全市教育事業改革發展的政策和規劃并組織實施。落實立德樹人根本任務，發展素質教育。（二）指導教育系統黨的建設工作。按照干部管理權限，承擔所屬單位領導干部的分析研判與動議、考察、任免等相關工作和日常管理工作，具體指導所屬學校領導班子思想政治建設。（三）指導教育系統宣傳思想文化工作。指導學校思想理論建設、宣傳輿論陣地建設、校園文化建設和精神文明建設。協調、指導學校做好維護政治穩定工作。指導學校思想政治教育和意識形態管理工作。（四）指導教育系統統戰與群眾團體工作。會同市有關部門指導學校統戰工作，指導學校做好民主黨派、黨外知識分子、僑聯、臺聯、民族宗教工作，指導學校工會、共青團、婦聯等群眾團體開展工作。指導學校做好離退休干部工作。（五）指導學校安全風險防控體系建設。指導、協調教育系統維護穩定以及學校安全保衛工作，指導協調學校做好重大安全事件處置工作。（六）負責全市中小學（含幼兒園、中等職業學校，下同）的統籌規劃和協調管理，指導其建設和發展，負責全市教育基本信息的統計、分析和發布。（七）負責本部門教育經費的統籌管理，參與擬訂教育經費籌措、教育撥款、教育收費、國有資產、教育基建投資等方面的政策，負責統計全市教育經費投入情況。指導學校后勤管理與改革工作。（八）指導全市基礎教育改革與發展。指導和推進義務教育均衡發展，指導和推進全市普通高中教育、幼兒教育和特殊教育工作。落實國家和省基礎教育教學基本要求、教學基本文件和評估標準，促進教育教學改革。（九）指導全市職業教育改革與發展。落實中等職業教育教學指導文件和教學評估標準，促進教育教學改革。開展職業指導工作。負責社會教育統籌管理工作，推進構建全市終身教育體系。（十）協助省教育廳和地方政府推進地方高等教育的改革與發展，深化高校管理體制改革，推進高校教育教學改革。（十一）指導全市學校德育工作、體育衛生與藝術教育、勞動教育工作以及國防教育工作。規劃、指導教育科研、教育技術和校外教育等工作。協調、指導教育信息化和產學研結合等工作。（十二）指導全市教師工作，組織、指導實施教師資格制度，組織、指導教育系統專業技術職務評審聘任和教師培訓工作，指導協調全市教育系統人才隊伍建設、人事分配制度改革工作。（十三）指導全市中小學教育管理工作，指導全市中小學招生工作，擬訂中等學校招生政策，會同有關部門編制中等學校招生計劃。負責教育類考試的管理。指導全市中小學學籍學歷管理。負責所屬學校和市區高中學籍學歷管理。（十四）指導全市教育督導工作，組織擬訂教育督導規章制度，負責對縣（市）區政府和有關職能部門履行教育職責情況進行督導評估。組織和指導全市各級各類教育的督導檢查和評估驗收工作，組織指導全市基礎教育發展水平、質量的監測工作。（十五）負責全市語言文字工作，指導語言文字規范化建設，監督檢查語言文字的應用情況，負責普通話推廣和普通話水平測試管理工作。（十六）組織、指導全市教育系統對外交流與合作工作。（十七）完成市委、市政府交辦的其他任務。