南通市審計局，為市政府工作部門。其主要職責是：（一）貫徹執(zhí)行國家審計方針政策和法律法規(guī)。參與起草審計、財政經濟方面的地方性規(guī)定，提出相關政策建議。負責對市財政收支和法律、法規(guī)規(guī)定屬于審計監(jiān)督范圍的財務收支的真實、合法和效益進行審計監(jiān)督，維護財政經濟秩序，提高財政資金使用效益，促進廉政建設，保障全市經濟和社會健康發(fā)展。對審計、專項審計調查和核查社會審計機構相關審計報告的結果承擔責任，并負有督促被審計單位整改的責任。（二）制定并組織實施全市審計工作發(fā)展規(guī)劃、專業(yè)領域審計工作規(guī)劃以及年度審計計劃。對直接審計、調查和核查的事項依法進行審計評價，作出審計決定或提出審計建議。（三）向市政府和省審計廳提出年度市級預算執(zhí)行和其他財政收支情況的審計結果報告。受市政府委托向市人大常委會提出市級預算執(zhí)行和其他財政收支情況的審計工作報告、審計發(fā)現問題的糾正和處理結果報告。向市政府和省審計廳報告對其他事項的審計與專項審計調查情況及結果。依法向社會公布審計結果。向市政府有關部門和縣（市）區(qū)政府通報審計情況和審計結果。（四）直接審計下列事項并出具審計報告，在法定職權范圍內做出審計決定或向有關主管機關提出處理處罰的建議：1.市級財政預算執(zhí)行情況和其他財政收支，市直各部門（含直屬單位）預算的執(zhí)行情況、決算和其他財政收支。2.縣（市）區(qū)政府預算執(zhí)行情況、決算和其他財政收支，市級財政轉移支付資金。3.使用市級財政資金的事業(yè)單位和社會團體的財務收支。4.市級政府投資和以市級政府投資為主的建設項目的預算執(zhí)行情況和決算。5.市屬國有企業(yè)和金融機構、市政府規(guī)定的市屬國有資本占控股或主導地位的企業(yè)和金融機構的資產、負債及損益。6.市政府各部門、縣（市）區(qū)政府管理和其他單位受市政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支。7.上級審計機關授權審計的國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支。8.國家法律、行政法規(guī)和地方性法規(guī)規(guī)定應由市審計局審計的其他事項。（五）按規(guī)定對市管領導干部及依法屬于市審計局審計監(jiān)督對象的其他單位主要負責人實施經濟責任審計。（六）組織實施對國家財經法律、法規(guī)、規(guī)章、政策和宏觀調控措施執(zhí)行情況、財政預算管理或國有資產管理使用等與國家和市財政收支有關的特定事項進行專項審計調查。（七）依法檢查全市審計決定執(zhí)行情況，督促糾正和處理審計發(fā)現的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政復議、行政訴訟或市政府裁決中的有關事項。協助配合有關部門查處相關重大案件。（八）指導和監(jiān)督內部審計工作，核查社會審計機構對依法屬于審計監(jiān)督對象的單位出具的相關審計報告。（九）與縣（市）區(qū)政府共同領導縣（市）區(qū)審計機關。依法領導和監(jiān)督縣（市）區(qū)審計機關的業(yè)務，組織縣（市）區(qū)審計機關實施特定項目的專項審計或審計調查，糾正或責成糾正縣（市）區(qū)審計機關違反國家規(guī)定做出的審計決定。按照干部管理權限協管縣（市）區(qū)審計機關負責人。（十）指導和推廣信息技術在全市審計領域的應用，組織建設全市審計信息系統(tǒng)。（十一）承辦市政府和上級審計機關交辦的其他事項。