南通市食品藥品監督管理局是根據《中共江蘇省委、江蘇省人民政府關于印發〈南通市人民政府機構改革方案〉的通知》（蘇委〔2010〕19號）和《中共南通市委、南通市人民政府關于印發〈南通市人民政府機構改革實施意見〉的通知》（通委〔2010〕19號）而設立，市食品藥品監督管理局為市政府工作部門。主要職責:（一）組織實施藥品、醫療器械、保健食品、化妝品監督管理的法律法規，根據職責權限研究制定相關的實施辦法、工作規劃并監督實施。（二）負責保健食品生產、經營的監督管理，監督實施保健食品生產經營質量管理規范，組織開展保健食品安全監測和評價，發布保健食品安全監管有關信息。（三）負責化妝品的衛生監督管理工作。（四）負責藥品、醫療器械行政監督和技術監督，監督實施藥品和醫療器械研制、生產、流通、使用及醫療機構制劑生產的質量管理規范。（五）監督實施藥品、醫療器械、藥品包裝材料法定標準，組織開展藥品不良反應、醫療器械不良事件和藥物濫用監測，配合有關部門實施國家基本藥物制度，組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度。（六）負責藥品零售、連鎖企業許可證的核發及管理，負責二類精神藥品零售連鎖經營資格許可，核發第一類醫療器械產品注冊證，辦理第一類醫療器械生產企業登記，根據省局委托承擔藥品、醫療器械許可及管理工作。（七）依法對藥品、醫療器械、藥品包裝材料生產、經營和使用單位日常監管，按規定監督抽查藥品、醫療器械、藥品包裝材料和保健食品、化妝品的質量。（八）監督實施中藥材生產、藥物非臨床研究和藥物臨床試驗質量管理規范、中藥飲片炮制規范，組織實施中藥品種保護制度。（九）監督管理藥品、醫療器械質量安全，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品。（十）依法組織查處藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等在研制、生產、流通、使用方面的違法行為。負責本地區藥品、醫療器械及保健食品廣告發布情況的監測檢查及移送。（十一）負責藥品、醫療器械、保健食品、化妝品監督管理有關的法規培訓。組織實施執業藥師資格制度。（十二）指導縣（市）區食品藥品監督管理、應急、稽查和信息化建設工作。（十三）承辦市政府交辦的其他事項。