根據《中共江蘇省委、江蘇省人民政府關于印發〈南通市人民政府機構改革方案〉的通知》（蘇委〔2010〕19號）和《中共南通市委、南通市人民政府關于印發〈南通市人民政府機構改革實施意見〉的通知》（通委〔2010〕19號），設立市港口管理局，為市政府直屬正處級事業機構。（一）貫徹執行國家有關法律、法規和規章，結合本地實際，制定有關港口管理的實施辦法，并組織實施。（二）按照全市社會經濟發展計劃和城市總體規劃，會同有關部門組織編制全市港口發展規劃、總體規劃和各港區控制性詳細規劃并組織實施。（三）依據有關法律、法規，對全市港口岸線、陸域、水域實施統一的行政管理。（四）負責組織全市港口公用基礎設施的建設、維護和管理工作。承擔全市港口建設項目及其配套設施建設項目的質量監督和安全監管。（五）負責全市港口經營許可及監督管理。負責港口規費的征收和代征。（六）負責協調搶險救災、國防建設急需等國家重點物資港口作業管理。負責沿海港區引航行政管理工作。（七）負責全市港口安全生產、港口設施保安履約工作監督管理和港口突發事件應急管理，建立港口重大安全生產事故的應急救援體系。（八）指導協調全市港口系統信息化建設工作。負責全市港口統計和經濟信息發布。組織開展港口技術標準和重大科技項目的開發和運用。（九）負責港際間的交流和重大涉外活動。（十）承辦市政府交辦的其他事項。