南通市供銷合作總社作為全市社員社的聯合組織和市級社社有資產的管理機構。南通市供銷合作總社下轄海安縣、如皋市、如東縣、通州市、海門市、啟東市、港閘區等7個縣（市）區供銷合作總社。內設　辦公室、政治處、財務審計處、資產管理處、社務管理處、紀檢組（監察室）以及工會工作委員會、共青團。主要職責:1、宣傳貫徹黨和國家有關農村經濟工作和社會發展的方針、政策和法律、法規，研究制定全市供銷合作社的發展戰略和發展規劃并組織實施，參與有關政策的制定，指導全市供銷合作社的改革與發展，促進供銷合作經濟的發展。2、代表市級社社有資產出資人，管理運營市級社社有資產和社員股金，推動企業深化改革，確保社有資產保值增值；積極穩妥地抓好現有存量資產變現和社員股金兌付工作。3、指導全市供銷社系統發展專業合作社和消費合作社，加強農村綜合服務體系建設，參與和推動農業產業化經營，開拓城鄉市場；實行開放辦社，為全市合作經濟組織提供信息服務。4、向市政府和有關部門反映農村社員和供銷社的意見與要求，協調與政府有關部門及其他社會組織的關系，維護供銷社的合法權益。5、指導全市供銷社的組織建設，促進基層社加強民主管理，密切同農民的聯系，協調社員社之間的關系，發揮群體聯合優勢。6、按照市政府的授權，組織、指導全市重要農業生產資料和農副產品的經營、管理和服務，促進城鄉物資交流，發展供銷合作經濟。7、指導全市供銷社系統的組織隊伍的建設和人才開發工作；組織指導供銷系統干部和職工的教育培訓。8、承辦市委、市政府交辦的其他事項。