南通市機構編制委員會辦公室主要職責：（一）貫徹執行黨和國家以及省委、省政府有關行政管理體制、機構改革和機構編制管理的法規政策。擬訂全市行政管理體制和機構改革以及機構編制管理的規定、措施和辦法。（二）研究全市行政管理體制和機構改革、事業單位體制改革以及相關領域涉及行政管理體制改革的重大問題。（三）擬訂全市行政管理體制和機構改革總體方案。組織實施市級黨政機關，人大、政協、法院、檢察院機關，各民主黨派、人民團體機關的機構改革工作。審核各縣（市）區和鄉鎮機構改革方案。（四）協調市委、市政府各部門的職能配置及其調整。協調市委各部門之間，市政府各部門之間，市委各部門與市政府各部門之間以及市級機關各部門與縣（市）區之間的職責分工。負責市級議事協調機構、臨時機構建立、調整和撤銷的審核。（五）統一管理全市各級黨政機關，人大、政協、法院、檢察院機關，各民主黨派、人民團體機關的機構編制工作，指導、協調全市各級行政管理體制改革以及機構編制管理工作。（六）審核縣（市）區黨政機關副科級以上機構設置及調整。審核全市各級行政編制總額和市、縣（市）區、鄉鎮（街道）行政編制層級調整方案。受上級機構編制部門委托，協助管理國家和省有關部門下設的行政機關和事業單位的機構編制工作。（七）擬訂全市事業單位管理體制和機構改革方案及其配套的有關措施、規定并組織實施。統一負責全市事業單位機構編制管理工作。審核市委、市政府直屬及市級機關各部門所屬事業單位的機構設置、業務范圍、類型規格、隸屬關系、人員編制、領導職數、人員結構和經費來源。審核縣（市）區相當副科級以上事業機構設置及調整。指導、協調全市各級事業單位機構改革和機構編制管理工作。（八）負責機構編制監督檢查工作。參與對黨政領導干部“三責聯審”，具體負責機構編制責任審核工作。負責機構編制實名制管理工作。開展機構編制執行情況評估和責任追究，依據法規按分工查處機構編制違規違紀行為。（九）負責事業單位登記管理工作。負責全市黨政群機關、事業單位專用中文域名注冊管理工作。聯系、指導市事業管理協會工作。（十）承辦市委、市政府和市機構編制委員會交辦的其他事項。