南通市總工會成立于1949年11月，下轄5個縣（市）級工會，4個區級工會，16個產業（系統）、園區工會，9個集團公司工會和近100家市總直屬基層工會。截至2016年末，全市共有基層工會1.9萬家，涵蓋法人單位5.01萬個，會員總數227萬人。近年來，南通市總工會在上級工會和市委、市政府的有力領導下，充分履行職責，樹立了良好的社會形象。各級黨政高度重視工會工作、全社會共同關心工會工作、廣大職工群眾大力支持工會工作，工會工作外部環境進一步優化、工會組織影響力進一步擴大。全市工會干部以昂揚的精神狀態投入到工作中，勇于開拓，敢于創新，形成了百花齊放、爭先創優的工作格局，創出了南通工會工作的特色品牌：全國率先將農民工納入城鎮住房保障體系；推行的“1+3”安全監控法，被交通部譽為全國交通行業的一面旗幟；連續37年開展“濠濱夏夜”廣場文化活動，獲得首批“全國特色文化廣場”“全國工會制造十大品牌”、文化部“群星獎”等多項榮譽。南通市總工會是南通各級地方工會、產業工會的領導機關，受中共南通市委和江蘇省總工會領導。其機關主要職責是：（一）根據黨的基本理論、基本路線、基本綱領和工運方針，圍繞黨和國家工作大局，貫徹執行市委、省總工會的工作方針，指導全市工會工作。（二）依照法律和《中國工會章程》組織開展工會各項工作，組織和指導各級工會堅定不移地貫徹落實黨的全心全意依靠工人階級的根本指導方針，切實履行維護職工合法權益的基本職責。（三）向市委、市政府以及上級工會反映職工的思想、愿望和要求，提出意見和建議。對有關職工合法權益的重大問題進行調查研究，參與涉及職工切身利益的政策、措施、制度和有關法規、規章草案的擬訂。參與職工重大傷亡事故和嚴重職業危害的調查處理。維護女職工的特殊權益。（四）負責工會理論政策研究。制定工會的組織制度和民主制度，研究指導工會的自身建設和改革。指導開展以職工代表大會為基本形式的民主選舉、民主決策、民主管理和民主監督工作，推動建立集體協商、集體合同制度和監督保證機制，完善勞動關系協調機制。提高職工的思想道德和科學文化技術素質。（五）協助縣（市）區黨委和市有關部門、企業、部省屬單位黨組（黨委）管理縣（市）區總工會和市區產業、集團公司工會的領導干部。研究制定工會干部的管理制度和培訓規劃，負責全市鎮街以上工會和大型企事業工會領導干部的培訓工作。抓好市總工會機關和直屬單位黨員干部黨風廉政建設工作。（六）依法對安全生產工作進行監督，協助政府有關部門指導職工生活、社會保障等方面的工作。組織和指導職工開展勞動和技能競賽以及合理化建議、技術創新、技術協作活動。（七）會同市有關部門共同做好勞動模范和先進工作者的推薦、評選、表揚、培養工作，并負責日常管理。負責五一勞動獎章（獎狀）、工人先鋒號獲得者的推薦、評選、表揚和管理工作。（八）負責工會經費和工會資產的管理、審查、審計工作。研究擬訂工會組織興辦的職工勞動福利事業的有關制度和規定，并進行指導、協調。（九）負責市工會系統的對外交流，發展同港、澳、臺工會的聯系。（十）承擔市委、市政府及省總工會交辦的其他事項。