南通市殘疾人聯合會為市委、市政府主管全市殘疾人事業的群眾團體，為正處級建制。市殘疾機關根據新時期殘疾人工作特點和承擔的工作任務，改進工作機制，一是加強基層和社區殘疾人工作，為殘疾人提供良好服務。二是活躍專門協會，密切聯系廣大殘疾人，聽取、反映其意見和要求，團結、教育殘疾人，發揮橋梁和紐帶作用。三是加大依法維護殘疾人權益的工作力度，為殘疾人提供法律援助和服務。南通市殘聯是中國殘疾人聯合會的地方組織，是國家法律確認、政府批準的將殘疾人自身代表組織、社會福利團體和事業管理機制融為一體的殘疾人事業團體，具有“代表·服務·管理”職能：代表殘疾人共同利益，維護殘疾人合法權益；開展各種業務和活動，直接為殘疾人服務：承擔政府委托的部分行政職能，發展和管理殘疾人事業。根據具體職責，市殘聯機關內設三個職能部室。一、辦公室（掛“市政府殘疾人工作協調委員會秘書處”牌子）二、宣傳文體部（增掛“就業教育部”牌子） 三、康復部，并下轄事業單位：南通市殘疾人服務中心。