九江市交通運輸局屬市政府工作部門，為正處級單位。負責貫徹執行黨中央、省委關于交通運輸方面的方針政策和決策部署。內設辦公室、運輸管理科、安全監督科、法規科、政務服務科、規劃建管科、人事科、財務科等8個職能科室和市交通戰備辦公室、機關黨委兩個機構。直屬事業單位4個：市公路管理所（市渡口管理所）、市交通工程質量監督所、九江民航管理局、九江市道路運輸管理局；直屬企業單位2個：九江市裝卸運輸公司和九江市航運總公司。全市15個縣（市、區、山）設交通運輸局（潯陽區除外），歸所在縣（市、區）人民政府領導，業務上接受市交通運輸局指導。其主要職責是：（一）貫徹執行國家和省有關交通運輸的法律法規和政策, 編制全市境內普通公路的發展規劃、中長期計劃，擬訂全市公路行業規定、標準，指導公路有關體制改革工作。（二）在全市經濟社會發展總體規劃的框架內,組織編制道路運輸體系規劃,協調民航相關工作。（三）指導交通運輸行業安全生產和應急管理工作。按規定組織協調重點物資運輸和緊急客貨運輸。（四）承擔道路運輸市場監管責任。指導城鄉客運及有關設施規劃和管理工作。負責汽車運輸有關管理工作。（五）負責交通工程建設市場監管工作。執行交通工程建設相關政策、制度和技術標準并監督實施。指導交通運輸基礎設施管理和維護。（六）負責交通運輸行業政務服務工作。（七）指導交通運輸信息化建設,監測分析運行情況,開展相關統計工作,發布有關信息。指導公路行業環境保護和節能減排工作。（八）負責全市國防交通戰備工作。（九）完成市政府交辦的其他任務。