1957年1月15日成立九三學社揚州直屬小組，共有社員9人。5月，成立了由薛天游、李劍青、黃久征等組成的領導小組，下設3個基層小組，社員發展到40人。1959年9月20日召開全體社員會議，成立九三學社揚州市分社籌備委員會，朱白吾任主委，薛天游、李劍清任副主委。基層組織增加到4個。1966年因文革沖擊，社組織被迫停止活動。1978年分社籌委會開始恢復活動，12月2日召開第一次社員大會，成立九三學社揚州分社，朱白吾任主委，李劍青、祁龍威、黃久征任副主委，設5個專門機構。1984年5月，九三學社揚州分社委員會改為九三學社揚州市委員會。2016年換屆后，成立了九三學社揚州市第九屆委員會，余海鵬任主委，劉文、田志明、潘云龍、黎壽豐任副主委。截至2018年6月底，我市共設四個基層委員會，十一個基層支社，三個基層小組。共有成員569人，平均年齡56.6歲，其中，中高級職稱502人，占總人數的88.2%。成員主要分布在我市各高校、醫院、科研院所及政府機關。