連云港市人民檢察院位于中心城區，新浦區朝陽中路（將于近期遷入位于朝陽東路的新辦公大樓），始建于1955年5月，時稱新海連市人民檢察院，隸屬于徐州地區檢察院，1961年10月更名為連云港市人民檢察院，直接隸屬于江蘇省人民檢察院，1967年1月至1978年7月期間停止辦公，1978年11月2日恢復重建，為省轄市檢察院。二十多年來，連云港市人民檢察院內抓素質，外樹形象，一手抓隊伍建設，一手抓檢察業務，著力查辦貪污賄賂、瀆職侵權等職務犯罪大要案、嚴厲打擊嚴重刑事犯罪活動、加強法律監督，維護公平正義，各項檢察工作取得長足發展。市檢察院內設辦公室、干部處、宣傳教育處、偵查監督處、公訴處、反貪污賄賂局（下設偵查一處、偵查二處、綜合處）、預防處、瀆職侵權檢察處、監所檢察處、民事行政檢察處、控告申訴檢察處（舉報中心）、檢察技術處、法律政策研究室、行政裝備處、監察處、機關黨委。下轄贛榆、東海、灌云、灌南4個縣檢察院和新浦、海州、連云3個區檢察院。