連云港市水利局主要職責：(一)負責貫徹實施國家、省有關水利方面的法律、法規和方針政策；組織草擬全市水利政策措施，并監督實施，實行依法治水、依法管水。(二)組織制定全市水利發展中長期規劃和年度計劃，主要河庫和流域（區域）綜合規劃，水資源保護、防洪、農村水利、供水、節水、水土保持等專業規劃，并監督實施；組織有關國民經濟總體規劃、城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪的論證工作；負責城市防洪保安并承擔城市水環境整治和建設的有關工作；負責水利工程移民管理工作。(三)統一管理全市水資源（含空中水、地表水、地下水）；組織擬定全市和跨縣水中長期供求計劃、水量分配方案并監督實施；會同有關部門編制水資源開發、利用、保護和水害防治的綜合規劃；歸口管理全市計劃用水、節約用水工作，擬定節約用水政策，并監督實施；組織實施取水許可制度和水資源費征收制度；組織發布全市水資源公報。(四)組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制，監測河庫的水量、水質，審定水域納污能力；提出限制排污總量的意見；組織發布全市水質監測簡報，有關數據和情況通報市環保局；協助市環保局處理跨縣（區）水污染事故。(五)組織、指導全市水政監察和水行政執法工作；依法查處違反水法律、法規的行政案件；協調并仲裁部門間和各縣區間的水事糾紛。(六)指導全市水利基本建設工作；編制、審批、上報大中型水利建設項目建議書、可行性研究報告；負責組織重點水利建設項目的實施。(七)指導全市水利系統財務會計工作 ；負責有關水利資金的計劃、使用、管理及內部監督；研究提出有關水利的價格、收費、稅收、信貸、財務及內部審計等方面的意見；研究水利投入機制和籌資政策；指導全市水利行業國有資產的監督管理工作；指導全市水利綜合經營工作。(八)組織、指導全市各類水利設施、水域及其岸線的管理與保護；負責管理重要水利工程；指導全市水利工程管理范圍內和河口海岸灘涂等水土資源的治理和開發。(九)指導全市農村水利工作；協調農田水利基本建設；指導節水灌溉和鄉鎮供水工作；指導全市中低產田改造中水利方面的工作和丘陵山區小流域治理工作；指導全市農村水利服務體系建設。(十)組織指導全市水土保持工作；會同有關部門編制水土保持規劃及年度實施計劃；負責建設、開發項目水土保持方案的審批；組織指導水土流失的監測和綜合防治。(十一)承擔市防汛防旱指揮部的日常工作；組織、協調、監督、指導全市防汛防旱工作，對流域性河道和重要水利工程實施防汛防旱調度。(十二)組織指導水利科技工作；組織水利科學技術的研究和推廣；指導水利信息化工作；擬定我市水利行業技術質量標準和水利工程規程、規范并監督實施；指導全市水利行業的職工隊伍建設。(十三)承辦市委、市政府交辦的其它事項。