連云港海事局是交通部設置在連云港的直屬海事機構，其前身為1987年2月18日交通部組建的交通部連云港海上安全監督局，為副局級單位。1999年12月28日，改為中華人民共和國連云港海事局并正式掛牌組建，為交通部直屬一級行政單位。2002年6月1日，部決定連云港海事局作為江蘇海事局分支機構進行管理，對外仍保留直屬海事局序列。2004年6月-10月，連云港海事局完成與連云港市、鹽城市地方海事機構的劃轉交接工作，鹽城海事局、灌河海事處等單位先后掛牌成立。2013年6月，連云港海事局按照直屬海事系統“轉公”要求，完成核編轉制和內設機構調整。2014年1月1日，鹽城海事局管理關系從連云港海事局調整到江蘇海事局。2016年5月10日，根據交通運輸部《關于調整長江海事局、江蘇海事局、連云港海事局管理關系的通知》要求，連云港海事局與江蘇海事局簽訂《江蘇海事局連云港海事局管理關系調整交接協議》，連云港海事局調整由部海事局直接管理，鹽城海事局由江蘇海事局成建制劃轉連云港海事局，作為分支機構進行管理。目前，連云港海事局下設部門、單位23個。為辦公室、黨組工作部、紀檢監察處、綜合計劃處、人事教育處、財務會計處、直屬機關黨委辦、法規規范處、指揮中心、通航管理處、船舶監督處、危管防污處、船員管理處、科技信息處、政務中心、船員考試中心、交管中心、鹽城海事局、連云海事處、墟溝海事處、灌河海事處、贛榆海事處、后勤管理中心。根據《交通運輸部關于中華人民共和國連云港海事局主要職責機構設置和人員編制規定的通知》（交人勞發[2013]245號），連云港海事局主要職責為：一、貫徹和執行國家水上交通安全、航海保障、船舶和水上設施檢驗、環境保護、海洋管理等方面的法律、法規和規章，實施有關多邊與雙邊國際條約，結合本轄區實際情況，制定實施細則，并監督執行。二、管理或負責規定區域內國際航行船舶和國內航行船舶的船舶登記，以及船舶法定配備的操作性手冊與文書審核簽發工作；負責轄區內外國籍船舶管理工作和審理外國籍船舶（包括港澳地區船舶）進入本轄區未開放水域或港口的申請，并按規定程序上報審批；負責口岸的海事管理工作。三、按照授權，負責船舶檢驗機構、引航機構、船員服務機構、海員外派機構和培訓機構的監督管理工作；負責轄區航運公司安全與防污染監督管理工作，以及船舶所有人、經營人實施有關法律、法規、國際公約的指導和管理工作。四、按照授權，負責船員、引航員、磁羅經校正人員和海上設施工作人員適任資格的注冊、培訓、考試和發證管理、船員服務簿和海員出入境證件發放及管理、船員專業與特殊培訓管理及其考試發證工作。五、負責轄區內重大水上交通事故、船舶重大污染事故處置及調查處理的組織、指揮和協調工作；負責組織、指導或具體實施邊轄區船舶防臺、搜尋救助及水上交通事故、污染事故、水上交通違法案件的調查處理工作。六、管理、指導或具體負責轄區內“船旗國”“港口國”和“沿岸國”管理、船舶安全檢查、國際航行船舶進出口岸查驗、國內航行船舶進出港簽證、強制引航監督、船舶保安和防抗海盜、船舶載運危險貨物及其他貨物的安全監督、靠泊安全監督、防治船舶污染水域監督等工作。七、管理、指導或具體負責轄區內“沿岸國”管理、海區（或水域）巡邏、通航環境管理與通航秩序維護、水上水下施工作業審核及監督管理、錨地和重要水域劃定、港區岸線使用審核、航行警（通）告發布等工作。八、負責船舶港務費、港口建設費、船舶油污損害賠償基金等非稅收入的征收管理工作。九、負責管理、指導本局機關和所屬分支機構的海事業務、法制、規劃計劃、基本建設、財務會計、固定資產、規費征收、干部人事、勞動工資、技術裝備、科技教育、政務信息、黨群、審計、紀檢監察、精神文明建設、宣傳等工作。十、承辦交通運輸部、交通運輸部海事局交辦的其他事項。