根據《省委辦公廳、省政府辦公廳關于印發<恩施土家族苗族自治州人民政府機構改革方案>的通知》（鄂辦文〔2009〕100號）、《中共恩施州委、恩施州人民政府關于州人民政府機構改革的實施意見》（恩施州發〔2010〕3號）及《州委辦公室、州政府辦公室關于調整州交通運輸局機構編制的通知》（恩施州辦文〔2019〕29號）精神，設立恩施土家族苗族自治州交通運輸局，為州政府工作部門。其主要職責是：（一）貫徹執行國家、省、州有關交通運輸工作的法律法規和方針、政策；組織擬訂全州交通運輸行業的規范性文件、政策和發展戰略并監督執行。（二）擬訂全州公路和水路交通行業發展規劃、發展計劃并監督實施；參與擬訂交通物流業發展戰略和規劃，擬訂有關政策和標準并監督實施；承擔交通運輸行業統計、信息引導和交通戰備有關工作。（三）負責全州交通運輸行業管理，承擔協調服務民航、郵政等工作，承擔涉及全州綜合運輸體系規劃協調工作。（四）負責全州道路、水路運輸市場監管，指導全州城鄉客運及有關設施的規劃和管理工作。（五）負責全州公路和水路交通基礎設施的建設、養護和市場監管，組織協調公路、水路有關重點工程建設和工程質量、安全生產監督管理工作。（六）負責全州港口、地方航道和水上交通安全監督管理及船舶檢驗。（七）負責全州交通行政執法監督檢查、行政復議、訴訟和公路路政管理工作；指導全州交通運輸行政執法和行業有關體制改革工作。（八）負責全州公路、水路、車船的技術管理和監督；指導全州公路、水路運輸應急管理工作；指導全州交通運輸行業科技、環保和節能減排工作。（九）負責局機關和直屬單位機構編制、干部人事和勞動工資管理；指導全州交通運輸行業精神文明建設和職工隊伍建設。（十）負責全州漁船檢驗和監督管理。（十一）承辦上級交辦的其他事項。