交通運輸部珠江航務管理局為交通運輸部部派出機構，承擔珠江水系航運行政管理職責。其具體職責為：（一）貫徹國家水路交通行業發展戰略、方針政策和法律法規；開展珠江水系水運發展重大問題和體制改革研究；參與部珠江水系有關航運規章草案的擬定工作，按法定程序批準后監督實施。（二）組織擬定珠江水系水運發展戰略、中長期規劃，提出珠江水系水運建設五年規劃和年度計劃建議；受部委托，對珠江水系報部審查審批的規劃、計劃及建設項目前期工作提出初步意見，參與有關審查工作和工程竣工驗收工作。（三）受部委托，負責珠江水系航運市場宏觀調控和秩序監督管理。實施珠江水系省際客船、危險品船運輸企業經營和新增運力的行政許可工作；實施從事內地與港澳間海上運輸部分業務的行政許可工作；實施瓊州海峽省際客船、危險品船運輸市場監督管理工作。（四）組織開展珠江水系水運建設市場監督管理，維護平等競爭秩序；協調珠江水系水資源綜合開發利用中航運有關工作。（五）負責協調珠江水系各省（自治區）交通運輸主管部門及其航務、港口、通航建筑物等管理機構相關業務工作；指導、監督、協調珠江水系省際航道主管部門的航道管理和維護工作。（六）指導珠江水系水路交通戰備有關工作，協調珠江水系國家重點物資、應急物資水路運輸，協助軍事物資運輸。（七）組織開展珠江水運科技開發和信息化建設工作，參與部制訂有關水運技術政策、標準和科技發展規劃等工作；開展珠江水系水運統計資料的收集、整理、分析等相關工作。（八）承擔交通運輸部珠江水系航運規劃辦公室的相關工作。（九）承辦交通運輸部交辦的其他工作。