北海市疾病預防控制中心的主要職責是：（一）擬定全市疾病預防控制工作方案，并組織協調實施；承擔全市疫情、中毒事件和公共衛生突發事件的調查處理工作。（二）開展與影響人群健康相關的疾病和環境、病媒因素的調查，預防控制、檢測、科研、培訓、咨詢和指導工作。（三）承擔衛生宣傳、健康教育、健康促進工作；指導并參加農村衛生及社區衛生服務中的疾病預防控制工作。（四）承擔各類人員的預防性健康檢查，與健康相關產品的衛生質量檢驗檢測鑒定；負責涉及公共衛生相關的場所的衛生監測、評價和衛生防病檢驗等實驗室質量控制工作。（五）承擔公共場所、廠礦新建、改建、擴建項目選址、設計和竣工驗收進行衛生學評價工作。（六）負責職業病的診斷、職業衛生監測、防護和危害評價及放射衛生與放射病的預防控制。（七）負責全市的性傳播疾病、艾滋病等疾病的監測管理、預防性診斷等工作。（八）負責全市碘缺乏病中鹽碘和尿碘的監測檢驗。（九）負責轄區范圍內生活飲用水安全監測檢驗。