根據淮辦發［2002］67號文件，《淮安市政協機關機構改革方案》的通知，市政協機關內設機構設1個辦公室、7個專門委員會。辦公室設5個職能處室：秘書處、信息處、人事處、聯絡處、行政處；7個專門委員會為：經濟科技和城鄉建設委員會、文衛體和人資環委員會、社會法制和民族宗教委員會、提案委員會、學習宣傳委員會、港澳臺僑委員會、文史委員會。淮編發[2004]89號文件同意政協辦公室增設老干部處。淮編發［2006］60號文件同意政協機關設立研究室，內設綜合處，同時撤銷政協辦公室內設的信息處。淮編發［2009］29號文件同意政協7個專門委員會分別設秘書處。淮安市政協辦負責市政協全委會議、常委會議、主席會議等各類會議以及調研、視察、約談、民主評議等日常活動的秘書、聯絡及其組織、協調、服務工作；聯系縣區政協、各民主黨派、工商聯、人民團體和市委、市政府有關部門，互相配合、協調工作；負責辦文、辦會、辦事等日常事務，其中包括會務、各項活動安排、公務接待、文書資料、行政管理、后勤服務、人事勞資、信訪、社區掛鉤、扶貧、老干部工作等；負責機關內部建設與管理的有關事項，承辦和服務“五型”機關建設的各項活動；承辦主席、副主席、秘書長交辦的其他事項。