1997年3月，第八屆全國人民代表大會第五次會議批準設立重慶直轄市，轄原四川省重慶市、萬縣市、涪陵市、黔江地區，體制調整后，全市有40個區、縣（民族自治縣、市），地域面積8.24萬平方公里，人口3.59千萬。同年6月19日，重慶市人民檢察院掛牌成立，現下轄5個分院、40個區縣（自治縣、市）檢察院。直轄以來，重慶市檢察院建立健全了直轄市檢察機構，形成了有重慶特色的管理模式，充分履行憲法和法律賦予的神圣職責，積極查辦貪污、賄賂、瀆職等職務犯罪，嚴厲打擊刑事犯罪，大力開展訴訟監督，各項工作穩步推進，有力地維護了社會政治穩定，為重慶市的經濟發展和社會進步作出了新的貢獻。直轄十幾年來，重慶市檢察機關堅持“素質興檢”，開展教育整頓，加強教育培訓，深化檢察改革，加強隊伍建設，塑造了一支新時期高素質的檢察隊伍。職能管轄：檢察機關內部對職務犯罪案件有立案偵查權的幾個部門，根據案件的性質，按照各自的職能權限，查辦職務犯罪案件。① 舉報中心。舉報中心是受理和管理舉報的部門，同時可以對舉報材料的性質不明難以歸口、情況緊急必須及時辦理、群眾多次舉報未查處和檢察長交辦的案件進行偵查。② 職務犯罪偵查局。具體對刑法分則第8章規定的貪污賄賂犯罪及其他章中明確規定依照第8章相關條文定罪處罰的犯罪案件進行立案偵查，包括貪污罪、挪用公款罪、受賄罪、單位受賄罪、行賄罪、對單位行賄罪、介紹賄賂罪、單位行賄罪、巨額財產來源不明罪、隱瞞境外存款罪、私分國有資產罪、私分罰沒財產罪12個罪名的立案偵查。對刑法分則第9章規定的瀆職犯罪案件及國家機關工作人員涉嫌利用職權實施的非法拘禁罪，刑訊逼供罪，報復陷害罪，非法搜查罪，暴力取證罪，破壞選舉罪，體罰、虐待被監管人罪等侵犯公民人民權利及民主權利的犯罪案件進行立案偵查。③ 民事行政檢察部門。具體承擔辦理民事行政抗訴案件中發現的司法人員職務犯罪案件進行立案偵查。④ 監所檢察部門。承擔刑罰執行和監管活動中發生的司法人員職務犯罪案件進行立案偵查。