1938年10月，中華民族解放行動委員會（農工黨前身）中央機關遷來重慶。1946年5月，在中央機關離開重慶前，設立了四川省干部會。1947年2月，更名為中國農工民主黨。1947年3月，成立農工黨重慶市黨部。1950年3月，成立農工黨重慶市臨時工作委員會。1951年7月，成立農工黨重慶市工作委員會，辦公地點遷至韋家院壩14號（今渝中區民生巷16號）。1956年至1992年，先后成立農工黨重慶市第一至第七屆委員會。1997年4月，組建直轄后第一屆委員會。2002年成立第二屆委員會。2007年4月，成立第三屆委員會。現任主委為杜黎明。市委機關設組織處、宣傳處、辦公室、參政議政處、社會服務處等五個職能部門。截止到2015年底，全市20個區縣建立了組織，其中區委15個，直屬工委2個，直屬支部委員會3個；共有基層組織193個，其中，基層委員會2個，總支部委員會6個，支部委員會184個，小組1個。全市共有黨員4206人，女黨員2138人，占50.83%。大學以上學歷的占65.9%；中高級職稱以上的占85.9%；醫藥衛生界占46.96%，教育界占19.57%（包括高等教育和普通教育），政府機關界別占9.13%、科學技術界占6.66%、公有制經濟界占5.04%、新的社會階層人士（私營企業主和其他人士）占4.42%、文化藝術界占2.40%、黨派機關界別占1.36%。擔任高等院校院系領導以上職務27人，科研院所領導16人，各級醫院領導職務30人，擔任各級特約人員76人（市級特邀人員14人）。全市黨員中有全國人大常委1人；市級人大代表25人，其中常委1人，副主任1人；區縣人大代表61人，其中常委11人，副主任4人。有全國政協委員2人；市級政協委員50人，其中常委12人；區縣政協委員384人，其中常委66人，副主席12人。全市處級以上黨員187人，其中廳級以上黨員34人，擔任政府及其組成部門處級以上實職76人，其中廳級以上實職6人，正處級實職12人。