湖州市交通運輸局主要職責：（一）負責涉及綜合運輸體系規劃的協調，會同有關部門組織編制公路、水路、鐵路相協調的綜合運輸體系規劃，指導交通運輸樞紐規劃實施。（二）組織擬訂并監督實施公路、水路等行業規劃、政策和標準；擬訂并監督實施物流業發展戰略和規劃，以及有關政策和標準；指導公路、水路行業行政管理體制改革。（三）負責道路、水路運輸市場監管。參與協調各種運輸方式的綜合平衡，引導運輸結構優化；負責道路、水路交通運輸及相關業務、城市客運、出租車、汽車租賃、搬運裝卸、運輸服務的行業管理，組織擬訂并監督實施相關政策、制度和標準。指導城鄉客運設施規劃實施。（四）負責公路、水路建設市場監管。擬訂并監督實施公路、水路工程建設有關政策、制度和技術標準；指導全市公路、水路建設，組織、協調并監管工程建設、工程質量和安全生產。指導交通運輸基礎設施管理和維護。負責港口岸線的使用管理工作。（五）負責通航水域的水上交通安全監管，指導道路、水路運輸行業安全生產和應急管理。負責路政、港政、航政、運政管理。協調國家重點物資運輸和緊急客貨運輸，協調和監測國、省道干線路網的運行，指導農村公路路網的運行監測和相關協調工作。（六）協助市發改委做好物流等有關生產性服務業工作。指導協調全市物流業，綜合管理現代物流業，牽頭推進港口物流發展。（七）提出公路、水路固定資產投資項目的規模、方向和資金安排建議；指導交通建設融資平臺的建設；指導公路通行費、水路交通規費的稽征，并對其使用情況進行監管。（八）指導交通運輸信息化建設和交通運輸行業技術進步，發布相關信息。指導公路、水路行業環境保護和節能減排工作。（九）承辦市委、市政府交辦的其他事項。