湖州市審計局是主管審計工作的市政府工作部門。其主要職責是：（一）貫徹執行國家審計法律法規、方針、政策；擬訂并組織實施有關審計行政管理方面的規范性文件；依法監督和領導縣區審計機關的審計業務；依法辦理被審計單位的審計復議申請。（二）向市政府及有關部門報告或通報審計情況，提出制定和完善有關政策法規和宏觀調控措施的建議。（三）依法對財政、金融、社會保障、農業、資源環保、經濟貿易、政府投資以及行政事業、國有企業等直接進行審計和專項審計調查，對審計、專項審計調查事項依法進行審計評價，作出審計決定或提出審計建議。（四）依法對國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支進行審計監督。（五）依法對屬于市審計機關審計監督對象的單位主要負責人實施經濟責任審計。（六）對市級各部門（單位）貫徹執行國家財政方針政策、宏觀調控措施執行情況、財政預算管理和國有資產管理使用等與政府財政收支有關的特定事項進行專項審計調查。（七）承擔國家審計署、省審計廳授權的審計事項；對縣區審計機關審計管轄范圍內的重大審計事項進行直接審計。（八）負責向市政府提交市本級預算執行情況的審計結果報告；受市政府委托代擬向市人大常委會提出市本級預算執行情況和其他財政收支審計工作報告，并承擔督促檢查被審計單位落實整改、提出審計整改報告的責任。（九）負責向市政府和省審計廳報告審計調查結果，依法向社會公布審計結果。（十）按照干部管理權限協管縣區審計機關負責人。（十一）對依法屬于國家審計監督對象單位的內部審計工作進行業務指導與監督；對社會審計機構出具的相關審計報告進行核查。（十二）承辦市委、市政府和省審計廳交辦的其他事項。