嘉興市農業科學研究院始成立于1956年，原為嘉興農業試驗站，隸屬浙江省農科所。1958年更名為嘉興地區農業科學研究所，1984年撤地建市改稱嘉興市農業科學研究所，1997年建立嘉興市農業科學研究院（所）。嘉興市農科院是一個以應用研究為主的純公益型農業科研單位，著重解決當地農業生產中的關鍵性和共性技術問題。60多年里，選育出了180余個水稻、大麥、蔬菜等農作物新品種，開展了一系列卓有成效的農業技術研究與推廣工作，培養和凝聚了一大批優秀人才，為嘉興市、浙江省乃至長三角農業和農村經濟發展作出了重要貢獻。“十二五”期間，嘉興市農科院將以建設好嘉興市“農業科技創新基地、成果示范轉化基地、對外合作交流基地、技術培訓服務基地和人才培養基地”為目標，創建長三角地區第一流地市級農科院，繼續為嘉興市生態高效都市型農業的發展提供技術支撐。