衢州市交通運輸局是主管公路和水路交通行業的市政府組成部門。其主要職責：（一）貫徹執行國家、省有關公路、水路交通行業的發展戰略、方針政策、法律法規和規章制度及規范性文件；擬定全市公路、水路交通行業的發展戰略、產業政策和地方規范性文件并監督執行。（二）擬定全市公路、水路交通行業發展規劃，制訂交通運輸、固定資產投資、交通科技教育的中長期規劃和年度計劃，并監督實施。（三）負責全市公路、水路交通基礎設施及其配套項目的建設、維護和路政、航政管理；會同有關部門管理交通基礎設施建設市場。（四）負責全市道路、水路交通運輸、出租汽車管理、汽車租賃、搬運裝卸、運輸服務、車船檢測維修、運輸技術規范、標準和定額、汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業管理；對國家重點物資運輸和緊急客貨運輸進行必要的調控。（五）負責公路、水路交通規費的稽征、管理和內部審計監督；負責公路車輛通行費征收工作的行業管理；負責交通建設資金的籌集、內審和監督管理。（六）負責水上交通安全管理監督；配合有關部門管理車站、港口（碼頭）的治安保衛工作。（七）負責交通行業統計和信息引導；指導交通行業體制改革；維護公路、水路交通行業的平等競爭；引導交通運輸行業優化結構和協調發展。（八）組織、指導交通行業科技開發，推動技術進步；指導交通行業職業技術教育和培訓，指導交通行業的精神文明建設和職工隊伍建設。（九）負責局屬單位的國有資產管理；領導和管理局屬事業單位、國有企業單位；對縣（市、區）交通主管部門實行業務指導。（十）負責市交通戰備辦公室的日常工作。（十一）承辦市委、市政府交辦的其他事項。