浙江省舟山海洋生態環境監測站是1987年由國家環保局和浙江省人民政府批準在原舟山市環境監測站的基礎上建立的，是全國環保系統目前唯一的專業海洋生態環境監測一級站。本站具有獨立法人資格，行政上隸屬浙江省環保廳和舟山市人民政府的領導，業務上受中國環境監測總站和浙江省環保廳指導，是具有技術監督管理職能的社會公益性事業單位。1994年國家環保局組建近岸海域環境監測網，我站任組長單位。1997年6月國家環保總局在本站掛牌“國家環保總局近岸海域環境監測網中心站”，2002年6月調整為“中國環境監測總站近岸海域環境監測中心站”。是全國近岸海域環境監測網絡的技術中心、信息中心和管理中心。2002年浙江省環保局批復設立浙江省海洋生態環境科學研究所。2013年6月1日，本站搬遷至位于舟山市新城體育路20號的新實驗辦公大樓，大樓占地5720.5平方米、總建筑面積11937.8平方米。實驗室配有271臺（套）各類采樣及分析設備，主要設備有：三重四級桿氣質聯用儀、電感耦合等離子體質譜儀、電感耦合等離子發射光譜儀、液質聯用儀、氣相色譜儀、離子色譜儀、分子熒光光度計、流動注射儀、原子吸收分光光度計、有機碳測定儀、粒度儀、熒光生物顯微鏡及圖像工作站、倒置生物顯微鏡等一系列先進儀器，各類儀器設備的功能基本滿足各項實驗分析的需要，另有站局域網和數據傳輸網絡設備各一套。擁有一艘498總噸的科學調查船，船上配有基本的通訊、導航設備和3個海洋環境調查監測實驗室。配備一輛環境應急監測車,車上配有大氣自動監測系統、氣象系統、便攜式氣相色譜儀、多參數水質監測儀、輻射監測儀、應急監測箱及應急數據傳輸系統。1996年首次通過國家級計量認證，通過多年來的計量認證復評審、擴項評審及監督評審，監測工作質量管理體系日臻完善。目前，有資質開展的監測項目包括水（含大氣降水）和廢水、環境空氣和廢氣、土壤/底質/固體廢棄物、噪聲、海水水質、海洋沉積物/生物體、海洋生物、室內空氣、電磁輻射、電離輻射等共十四大類339項523個參數。從事海洋環境監測工作三十多年來，經歷了由小到大、由弱到強的發展過程，海洋生態環境監測技術手段和技術力量逐步得到加強，具備飲用水109項全項目監測分析能力及全面開展海洋生態環境調查監測、進行海洋生態環境監測研究和參與國際合作項目的條件和能力，以適應和滿足海洋環境管理工作的需要。