麗水市疾病預防控制中心是于2001年8月20日在原麗水市衛生防疫站基礎上組建而成的，是政府舉辦的實施疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的公益事業單位，是全市疾病預防控制、衛生檢驗檢測、健康教育、科研培訓等業務技術的指導中心、科技研究中心、信息管理中心、人才培訓中心。2004年10月，為加快城市公共衛生突發事件應急機制，完善疾病預防控制體制，麗水市編委發文，把麗水市疾控中心機構升格為副縣（處）級事業單位。麗水市疾病預防控制中心現有職工89人，其中高級職稱15人，中級職稱31人。中心下設11個科室，即：辦公室、總務財務科、傳染病預防與控制科、突發公共衛生事件應急處置科、重點傳染病預防與控制科、健康危害因素監測與控制科、地方病與慢性非傳染性疾病控制科、健康教育科、檢驗科、消殺與病媒生物監測科、蓮都區分中心。中心擁有原子吸收分光光度計、氣相色譜、PRC測定儀、生物安全柜、酶標儀等儀器設備；建有艾滋病確證實驗室、國家P2級實驗室、理化實驗室和其它微生物實驗室，并于2000年通過計量認證。麗水市疾病預防控制中心其主要職責有：1、對影響人群生存環境衛生質量及生命質量的危險因素進行食品、職業、環境、放射、學校衛生等衛生監測；對傳染病、地方病、寄生蟲病、慢性非傳染性疾病、職業病、公害病、學生常見病及意外傷害、中毒等發生、分布和發展的規律流行病學監測，并制定預防控制對策。2、為擬訂與疾病預防控制和公共衛生相關的法律、法規、規章、政策、標準、規劃等提供科學依據，為衛生行政部門提供決策咨詢。3、擬訂并實施疾病預防控制工作方案，對方案實施進行質量和效果評估。4、對傳染病的發生流行和中毒、污染事件進行調查處理，為救災防病和解決重大公共衛生問題提供技術支持。5、實施預防接種，負責預防用生物制品的使用與管理。6、負責人員培訓，指導技術規范和技術措施的實施；承擔愛國衛生運動中與疾病預防控制有關的技術指導。7、開展健康教育與健康促進，參與社區衛生服務工作，促進社會健康環境的建立和人群健康行為的形成。8、承擔疾病預防控制及有關公共衛生信息的報告、管理和預測、預報，為疾病預防控制決策提供科學依據。9、開展衛生防病檢驗和實驗室質量控制；受衛生行政部門認定，承擔衛生監督監測檢驗、預防性健康檢查、健康相關產品的技術審核和衛生質量檢驗、鑒定；對新建、改建建設項目的選址、設計和竣工驗收進行衛生學評價。10、進行應用性科學研究，開發和推廣先進技術。11、開展對外交流與合作，引進和推廣新技術、新方法。12、向社會提供相關的預防保健信息、健康咨詢和預防醫學診療等專業技術服務。13、完成衛生行政部門交付的其它任務。中心的宗旨是貫徹預防為主方針，"團結、務實、開拓、奮進"，為全市人民健康服務，為全市社會發展和經濟建設服務。