南京市政務服務管理辦公室主要職責：（一）協助市有關部門擬訂和實施行政審批制度改革相關政策、制度以及改革方案。（二）負責綜合協調、監督管理和指導服務進駐市政務服務中心的市級各部門行政審批事項和公共服務事項的集中辦理，并負責辦理情況的督查、督辦和統計工作。（三）推進重大項目審批的綜合協調和督辦，組織相關部門開展審批業務的現場服務、跟蹤服務、聯合辦理和聯審會辦，研究推進并聯審批工作。（四）承擔市行政權力網上公開透明運行工作領導小組辦公室的日常工作，負責全市行政權力網上公開透明運行的指導、協調和監督工作。（五）承擔市公共資源交易管理委員會的日常工作；負責統籌、協調全市公共資源交易監督管理工作；牽頭推進公共資源交易改革；研究起草公共資源交易相關法規和規章；編制公共資源交易目錄。（六）承擔市“12345”政務服務熱線的日常管理、協調、督辦和績效考核等有關工作。（七）承擔市政務服務業務管理信息網絡系統建設、業務培訓和運行管理工作。（八）負責對進駐中心的各窗口單位及其工作人員進行日常管理和監督考核；負責受理政務服務相關訴求，并按有關規定進行處理。（九）協調處理中心運作中存在的問題，協調進駐中心各單位之間的工作關系；協調提供進駐中心的窗口單位和工作人員所需的相關服務。（十）協調、指導和監督區（園區）政務服務中心以及市級部門在政務服務中心之外設立的其他辦事大廳的規范化建設。（十一）承擔市委、市政府交辦的其他事項。