中華人民共和國南通海事局的主要職責為：貫徹執行國家海洋管理、環境保護、水上交通安全、通航保障、船舶和設施等方面的法律、法規和規范；中華人民共和國南通海事局是經中央編制委員會中編辦[2000]第48號文批準成立，負責水上交通安全監督管理工作的行政管理機關。水上水下施工安全技術狀況審核，碼頭、錨地和重要水域劃定，港區岸線安全使用審核，航行警（通）告發布；通航環境管理與通航秩序的維護。