梅州市食品藥品監督管理局于2001年6月組建成立，原實行省以下垂直管理，2010年1月改為地方管理，為市人民政府工作部門，2011年8月，增加餐飲食品安全監管職能。2013年12月，增加食品生產監管、食品流通監管、食品綜合協調三大職能，并在2014年2月28日完成職能交接。是《食品安全法》、《藥品管理法》及《醫療器械監督管理條例》的執法主體，承擔著對梅州市轄區內的食品、藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等的生產、經營和使用全過程的監督管理職能，同時承擔市食品安全委員會日常工作。市食品藥品監督管理局市局內設12個科室，分別為：辦公室、人事科（黨辦）、政策法規科（行政審批科）、綜合協調科（應急管理科）、食品生產監管科、食品經營監管科、食用農產品市場監管科、藥品生產監管科、藥品流通監管科、醫療器械監管科、保健食品化妝品監管科、稽查局；另設食品安全總監和藥品安全總監各一名；下屬單位有市食品藥品監督檢驗所（市食品藥品檢驗檢測中心），屬參公事業單位。