根據《中共惠州市委、惠州市人民政府關于印發〈惠州市人民政府機構改革方案〉的通知》（惠市委辦〔2009〕25號），設立惠州市機構編制委員會辦公室，正處級，既是市委工作部門，又是市政府工作部門，列入市委機構序列。其主要職責是：一、貫徹執行中央和省有關行政管理體制和機構改革以及機構編制管理的方針政策和法律法規，統一管理全市黨政群機關（含黨委、政府各部門，人大、政協、法院、檢察院機關，民主黨派和人民團體機關，以及其他行政機構，下同）和事業單位的機構編制。二、負責擬訂本市行政管理體制和機構改革總體方案并組織實施，審核市直機關和縣（區）機構改革方案，指導縣（區）、鄉鎮（街道）、各類開發區的行政管理體制和機構改革以及機構編制管理工作。三、管理市直機關的職責配置、機構設置、人員編制和領導職數，審核縣（區）機關的機構設置與調整，分配和調整縣（區）、鄉鎮（街道）行政編制總額。四、協調市直機關之間、市直機關與市、縣（區）之間的職責分工。五、負責擬訂本市事業單位管理體制和機構改革總體方案并組織實施，管理市屬事業單位的機構編制，負責縣一級承擔行政職能事業單位的設立、調整，組織制定事業單位的全市性編制標準和管理辦法，指導縣（區）、鄉鎮（街道）事業單位管理體制和機構改革以及機構編制管理工作。六、監督檢查各級行政管理體制和機構改革方案、事業單位管理體制和機構改革方案、市直機關“三定”規定和事業單位機構編制方案以及機構編制政策法規的執行情況。七、負責市直事業單位登記管理工作，指導、監督縣（區）事業單位登記管理工作。八、承辦市委、市政府、市機構編制委員會和上級機構編制管理機關交辦的其他事項。