惠州市港務管理局是市直屬正處級事業單位，其基本職能是：（1）貫徹執行《港口法》及港口管理其他法律法規、省、市關于港口管理的方針政策和規定，制定港口行業規則、港章、年度計劃及管理辦法等，并組織實施；（2）編制（修編）惠州港總體規劃，對我市沿海、內河港口碼頭的岸線、陸域、水域實施統一的行政管理；（3）根據《港口法》對港口建設市場秩序進行監管，審核、審批港口設施建設項目，并參與工程建設項目的竣工驗收；（4）根據交通部《關于發布港口深水岸線標準的公告》對提出使用港口岸線申請進行評估和審核，并報上級有關部門審批；（5）組織建設和維護我市港口公用航道、防坡堤、錨地等基礎設施；（6）依法實施港口經營許可制度。對港口旅客運輸服務、港區內的裝卸、駁運、倉儲業務、港口理貨業務和港口拖輪業務的企業提出的經營申請進行審核和審批；（7）對港口安全生產情況實施監督檢查，制定可能危及社會公共利益的港口危險貨物事故應急預案、重大生產安全事故的旅客緊急疏散和救援預案以及預防自然災害的預案，建立健全港口生產安全事故的應急救援體系；（8）對港區內從事危險貨物港口作業經營人依法進行作業資質認定，劃定港區內危險貨物作業泊位、庫場的區域范圍，并核發危險貨物港口作業認可證；對危險貨物港口作業依法進行上崗資格監督管理，并組織港口經營人的技術和安全作業培訓；（9）貫徹實施《港口設施保安規則》，組織對外開放港口進行港口設施保安評估，制訂保安設施計劃，并監督《計劃》的實施，定期組織演練；（10）按規定征收或代征國家行政性收費及有關規費，對企業經營性收費項目和價格按有關法規的規定實施監督和管理；（11）負責協調國家重點物資、軍事及搶險救災等物資的疏運工作；（12）依照交通部《引航管理規定》對進出惠州港必須經過引航的船舶提供引航服務；（13）負責惠州港口信息資料的收集、匯總和統計管理工作；（14）對違反港口規劃建設、港口生產經營有關規定、損害港口公用設施行為的單位和個人依法實行處罰；（15）承辦市政府交辦的其它工作。