惠州市衛生監督所是衛生行政部門的衛生綜合執法執行機構，設辦公室、財務科、法制稽查科、受理發證科、公共衛生監督科、醫療機構與放射衛生監督科、學校與傳染病防治監督科、基層衛生監督一科和基層衛生監督二科等9個科室，并設有水口、小金口、仲愷、大亞灣四個衛生監督分所，形成一個覆蓋惠城區、仲愷高新區、大亞灣開發區的衛生監管網絡。“熱情、廉潔、公正、高效”是衛生監督所的服務宗旨。惠州市衛生監督所主要職責：（一）承擔市衛生局衛生監督執法具體工作。依照法律、法規、規章和職責分工，承擔公共場所衛生、飲用水衛生、學校衛生、職業衛生、放射衛生、醫療衛生機構、采供血機構、傳染病防治等領域的監督檢查工作，查處違法行為。（二）協助市衛生局擬訂并組織實施全市衛生監督計劃，對縣（區）衛生監督機構進行業務指導及監督檢查；負責全市衛生監督信息的收集、核實、匯總和上報；總結、分析全市衛生監督工作，向市衛生局提出衛生監督管理意見和建議。（三）按照職責分工承擔衛生行政許可的申請受理、審核、呈批和批準后證件發放的具體工作。（四）承擔受理衛生違法行為的投訴、舉報及調查處理工作。（五）承擔衛生行政處罰案件的調查取證工作，提出處罰建議，執行處罰決定。（六）負責衛生監督員的培訓和考核，承擔衛生法律法規宣傳教育工作。（七）參與突發公共衛生事件的應急處理；協助市衛生局開展食品安全綜合協調工作。（八）承擔基層醫療衛生機構衛生監督協管服務的組織、協調和管理工作。（九）承辦市衛生局和上級衛生監督機構交辦的其他任務。