1961年4月10日肇慶鎮從高要縣劃分出來，恢復肇慶市（縣級市）建制后，中共肇慶市委員會貫徹中國共產黨同各民主黨派和各界無黨派愛國人士“長期共存，互相監督”的方針，9月，邀請各民主黨派、各人民團體和各界無黨派愛國人士代表23人，組成政協肇慶市籌備委員會，經過一段時間的組織籌備工作，政協肇慶市第一屆委員會第一次全體會議于同年12月21日召開，共有市政協委員80人。第一屆委員會從1961年12月至1964年12月。1978年10月，肇慶市政協恢復活動；1979年6月逐步配備專職干部，重建市政協辦事機構，開展工作。從1980年8月至1988年3月，市政協（縣級市）歷經第二、第三、第四屆。第二屆委員會從1980年8月至1984年5月；第三屆委員會從1984年6月至1987年4月；第四屆委員會從1987年4月至1988年3月。1988年3月12日國務院批準撤銷肇慶地區，將肇慶市升格為地級市，根據省委、省政府部署要求，端州區基本上以原肇慶市行政區域建制，升格后的肇慶市政協其屆次銜接原第四屆委員會，肇慶市升格為地級市后至今，經歷了第五、第六、第七、第八、第九、第十屆。第五屆委員會從1988年6月至1993年4月；第六屆委員會從1993年4月至1998年4月；第七屆委員會從1998年4月至2003年4月；第八屆委員會從2003年4月至2007年1月；第九屆委員會從2007年1月至2012年1月；第十屆委員會從2012年1月至2017年1月。市政協重新恢復工作以來，經過撥亂反正和改革開放，政協工作得到健康、有序發展。在中共肇慶市委的領導和政協廣東省委員會的指導下，市政協高舉中國特色社會主義偉大旗幟，以鄧小平理論、“三個代表”重要思想和科學發展觀為指導，深入貫徹習近平總書記系列重要講話精神，突出團結和民主兩大主題，按照《中共中央關于加強人民政協工作的意見》要求，把推動科學發展作為履行職能的第一要務，圍繞我市的中心工作，積極履行政治協商、民主監督、參政議政職能，為鞏固和發展愛國統一戰線，促進祖國統一和社會的和諧穩定，推動我市經濟社會科學發展，實現富民強市，建設幸福肇慶作出重要貢獻。同時，政協履行職能的制度化、規范化和程序化程度進一步提高。