廈門港口管理局主要職責：（一）貫徹國家有關港口、航道和沿海水路運輸的法律法規和政策，起草港航地方性法規、規章和政策，制定港口章程，并組織實施。（二）負責制定港口、航運發展戰略及航運、港口物流發展規劃，擬訂港口總體規劃；負責全港水陸域的分配使用，依法負責使用岸線的管理工作。（三）承擔全港水運建設市場的監管責任。依法負責全港水運工程建設項目和港區范圍內配套工程建設項目設計、招投標、質量、安全及建設的監督管理。（四）承擔全港港口公共基礎設施的建設、維護和管理責任。（五）承擔全港港口、航運市場的監管責任。負責轄區內屬于地方政府管理權限的港口經營和國際海上運輸、沿海水路運輸行業行政管理，負責沿海、國際航線的備案受理工作；牽頭組織協調國家重點物資和緊急、特種物資以及軍事、搶險救災物資的水路運輸和港口作業，會同有關部門做好港口集疏運組織管理工作；指導局直屬單位及相關區級涉港運輸行政管理部門開展相關業務工作。（六）負責進出港船舶靠離泊位的調度安排，會同海事管理機構實施港口內船舶通航管理，指導全港引航工作。（七）承擔國家港航行政規費征收、代征責任，會同有關部門監督管理港口和水路運輸企業經營性收費項目和標準。（八）負責港航信息的采集、統計、分析、報送和發布工作。（九）負責港口安全生產監督管理和應急處置工作；負責港口危險貨物裝卸、堆存的監督管理；負責港口設施保安工作；參與港區治安、交通、消防、衛生等管理工作。（十）承擔港口信息化工作的規劃、建設和管理責任；指導港口重大技術改造，組織港口大型機械設備的技術檢測；指導港口、航運行業環境保護和節能減排工作。（十一）組織、指導、監督全港港口、航道、水運、水運工程質量監督的行政執法工作，依法承擔有關行政訴訟應訴職責。（十二）組織開展港口物流業發展研究，推動多式聯運發展；會同有關部門協調口岸查驗單位優化港口通關環境，推動內陸腹地“無水港”建設發展。（十三）負責港口對外交流工作，組織開展港口經濟技術合作，聯系國際港口協會，發展國際友好港口；組織制定對臺通航發展規劃和方案，指導港航企業發展對臺通航具體工作，聯系海峽兩岸航運交流協會和臺灣相關港航單位。（十四）負責聯系中國人民解放軍駐廈門航務軍事代表辦事處，組織協調全港戰備和軍事運輸工作，保障各項戰備與軍事運輸任務的完成。（十五）承辦市委、市政府交辦的其他事項。