漳州市海洋與漁業局的主要職責是：（一）貫徹執行國家有關海洋與漁業的法律法規和政策，擬訂全市海洋與漁業相關政策和規范性文件并監督實施。（二）會同有關部門擬訂海洋功能區劃、海域開發利用規劃、海洋與漁業發展總體規劃并監督實施。協調各部門各行業的海洋利用開發活動。（三）監督檢查海洋與漁業行政執法工作。參與處置重大海洋與漁業權益糾紛。（四）負責規范管轄海域使用秩序工作。監督管理國家授權的海域使用。組織實施海域權屬登記、海域論證、海域評估和海域界線勘定和管理。組織實施海域有償使用制度。（五）承擔無居民海島合法使用的責任，負責無居民海島的使用管理。（六）承擔海洋環境和漁業水域生態環境保護的責任。按照國家統一要求，會同有關部門組織擬訂海洋環境保護與整治規劃，擬訂并執行污染物排海標準和總量控制制度。主管防止海洋石油勘探開發和海洋工程項目、海洋傾倒廢棄物對海洋污染損害的環境保護。監督陸源污染物排海、生物多樣性和海洋生態環境保護。依法組織調查處理海洋污染和漁業污染事故及漁業船舶造成的水污染事故，負責對江河、湖泊、水庫等漁業水體防治污染實施監督管理。（七）負責海洋、漁業防災減災工作。承擔海洋環境觀測預報和海洋災害預警報的責任。組織海洋資源環境的調查、監測、監視和評價。指導海洋自然災害影響評估工作。（八）負責維護海洋與漁業生產秩序工作。依法管理與保護全市漁業資源和水生動植物資源。承擔漁港和漁船管理工作。組織指導漁業船舶檢驗和船用產品檢驗工作。依法在職責范圍內對安全生產工作實施監督管理。負責全市海洋與漁業突發事件應急指揮、處置、救援等綜合協調和監督管理。（九）負責漁業管理工作。組織實施漁業許可證制度。組織重要涉漁工程環境影響評價和生態補償工作。組織水生動植物病害防控工作。依法承擔水產品質量安全監督管理工作。指導水產品加工流通，參與品牌培育和市場體系建設。（十）負責海洋與漁業科技管理工作。組織實施“科教興漁”戰略，參與“科技興海”工作。組織實施海洋基礎與綜合調查。（十一）負責海洋與漁業對外交流工作。組織開展有關國際經濟、技術交流與合作，監督執行國際漁業公約和雙邊、多邊漁業協定。會同相關部門開展對臺海洋與漁業交流合作工作。監督管理涉外海洋科學調查研究活動。（十二）承擔海洋經濟運行監測及信息發布的責任。會同有關部門提出優化海洋經濟結構、調整產業布局的建議。（十三）承辦市委、市政府交辦的其他事項。