福州海關是全國42個直屬海關之一，轄區范圍包括福建省內的福州、莆田、三明、南平、寧德5地市以及平潭綜合實驗區，關區總面積6.5萬平方公里，海岸線總長2278公里。關區主要口岸有福州港、莆田港、寧德港以及福州長樂國際機場、武夷山機場兩個空港。福州海關現設有副廳局級內設機構1個、正處級內設機構12個，其他正處級內部工作機構3個，正處級隸屬海關9個、派駐機構4個、事業單位2個。全關現有干部職工1178人，其中緝私警察193人。目前我關黨組由11人組成，關黨組書記、關長宇方成負責全面工作。福州海關主要特點是：一是歷史悠久。清康熙二十三年（1685年）設立閩、粵、江、浙四海關，福州成為全國最早設立海關的口岸之一，至今已有300多年歷史，1950年2月福州海關成立。二是區位獨特。關區地處東南沿海與臺灣海峽的重要節點，地處對臺工作前沿，對臺特色鮮明，海關履職敏感性強，職責作用和角色地位特殊。三是門類齊全。關區內沿海地區和內陸山區并存，設有保稅港區、保稅區、出口加工區等3個海關特殊監管區域、三明、武夷山2處陸地港，以及平潭綜合實驗區，海、陸、空、郵各類海關監管業務一應俱全，涵蓋各類貿易業態，擁有福建特色的對臺小額貿易、臺灣小商品市場監管業務。四是廣受關注。中央高度重視和支持福建加快發展，過去五年先后批準設立平潭綜合實驗區、中國（福建）自由貿易試驗區、21世紀海上絲綢之路核心區、福州新區、福廈泉國家自主創新示范區、國家生態文明試驗區，政策優勢明顯，開放型經濟發展良好，多次接受國家領導人的視察，特別是習近平總書記2014年來閩視察工作時，親臨平潭海關監管現場，聽取我關創新海關監管、助推平潭開放開發的情況匯報，親切接見我關一線關員，并給予充分肯定。2017年，福州海關共監管進出口貨物5995萬噸，比增5.4%；進出口總值2154.9億元，比增18.5%；進出境人員234.5萬人次，比增4.3%；進出境運輸工具2.7萬架（艘），比增4.5%。十三屆全國人大一次會議審議通過的《國務院機構改革方案》明確“原國家質量監督檢驗檢疫總局的出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關總署”，目前轉隸組建正式完成，機構職能、組織機構相關信息待新“三定”方案后更新。