三明市疾病預防控制中心系2004年6月組建成立，規格為副處級，現有事業編制118名，設有12個內設科室。中心負責傳染病、慢性病、地方病防控和免疫規劃；開展病原微生物、毒物、污染物檢測，做好食品衛生、職業衛生、放射衛生、環境衛生等監測評估，開展職業病診斷、健康教育與促進和預防醫學研究等工作。現有在職人員102名，其中專業技術人員90人（高級職稱32人、中級職稱28人、初級職稱30人），固定資產總值1523.66萬元；中心總面積4408平方米，擁有業務辦公用房1467平方米，實驗室用房2417平方米。內部布局合理，儀器設施配套，建有國內先進的生物安全二級實驗室、艾滋病確證實驗室、PCR實驗室和百級凈化實驗室。先后獲得福建省資質認定計量認證、中國合格評定國家實驗室（CNAS L2286）認可證書。中心成立后，致力于加快疾控人才培養，加強疾控體系能力建設，做好人才、技術儲備。弘揚“以人為本，團結進取，求真務實，廉潔高效”中心精神，著力打造“培訓一流的人才，配置一流的裝備，掌握一流的技術，提供一流的服務”的服務品牌。先后被衛生部授予全國結核病防治先進單位；中華全國總工會授予“工人先鋒號”稱號；福建省第八屆文明行業創建競賽活動示范點；福建省衛生廳授予救災防病先進集體；連續多年被市委、市政府授予“平安建設”先進單位，被三明市衛生計生委授予“市直醫療衛生單位綜合考評先進單位”等榮譽稱號。在防控和處置“非典”、“禽流感”、“甲型H1N1流感”、“H7N9流感”等重大公共衛生應急事件中，發揮了重要作用，為三明經濟社會發展保駕護航。